Comitetul Județean pentru Situații de Urgență a evidențiat faptul că a avut loc o agresiune asupra mediului în timpul incendiului din data de 12 septembrie. În urma degajării în atmosferă a produșilor rezultați în urma procesului de ardere a fost afectată calitatea aerului dar a fost generată și o poluare accidentală pe râurile Orăștie și Mureș.
Pârâul Orăștie se află chiar în apropierea halei care a ars, de aceea a fost poluat cu o peliculă ce s-a întins pe aproximativ 3 kilometri, fapt ce a determinat o mortalitate piscicolă mare. Specialiștii Gărzii de Mediu, conduși de comisarul general adjunct al Gărzii Naționale de Mediu, în urma monitorizării calității aerului și a prelevării probelor de apă, au concluzionat că a avut loc o poluare semnificativă a pârâului Orăștie și o alterare a calității aerului pe perioada manifestării incendiului. Însă, în acest moment parametrii calității aerului sunt în limite aproape normale.
Încă din cursul serii reprezentanți ai SGA Hunedoara, Alba și Mureș au amplasat 9 baraje absorbante pe râul Orăștie și un altul pe râul Mureș pentru stoparea propagării substanțelor, în acest moment parametrii de mediu fiind aproape normali. Prefectul județului Hunedoara, Fabius Kiszely a dispus continuarea monitorizării parametrilor de mediu.